Il complesso romano delle Grotte sorge sul promontorio affacciato sul golfo di Portoferraio, a dominare tutto il braccio di mare compreso tra il litorale di Piombino e l’approdo di Portoferraio. Le complesse strutture delle Grotte, costituite da grandi terrazzamenti, vennero costruite con tutta probabilità nella prima metà del I secolo a.C. Intorno alla prima metà del I secolo d. C. l’edificio sembra essere interessato da una imponente ristrutturazione, che avvia la seconda fase della vita dell’edificio tra la tarda età augustea e tiberiana, conoscendo un lungo periodo di abbandono con frequentazione tardoantiche sporadiche. Pavimenti e strutture vennero danneggiati nei secoli dai continui lavori agricoli, ma l’intervento distruttivo più grave fu l’utilizzo dell’area per scopi militari durante la guerra tra Francia e il Regno di Napoli per il predominio dell’isola, alla fine del XVIII secolo.
Il sito fu parzialmente scavato dalla Soprintendenza Archeologica della Toscana negli anni sessanta e settanta, dall’allora funzionario Giorgio Monaco. Tra il 2019 e il 2022 è ripresa una nuova stagione di indagine archeologiche, in collaborazione tra AD e l’Università degli studi di Siena, nel tentativo di ampliare le aree non scavate e definire nel dettaglio fasi cronologiche e funzione degli ambienti. Interpretato fino a questo momento come una villa maritima, anche per la presenza di un impianto termale romano canonico, dalle nuove indagini archeologiche non sono emerse aree residenziali che possano far interpretare il complesso monumentale delle Grotte come una vera e propria villa. Il sistema di cisterne, pozzi e la grande quantità di acqua che dobbiamo immaginare essere presente in antico, ci costringono a ripensare totalmente la funzione del sito, forse come un santuario o un castellum acquae, funzionale per l’approvvigionamento dell’intenso traffico navale e come riserva di acqua potabile per le attività produttive dell’isola d’Elba o addirittura per la città romana di Porto Argoo, che potrebbe essere stata ubicata nella piana di San Giovanni piuttosto che nell’odierna Portoferraio.